En l'església sufragària de Sant Iscle de Vallalta, bastida a l'indret del Santuari, s'exerciren les funcions parroquials a la vall de Canet de Mar, durant cent divuit anys (1461-1579).

Vistes i examinades totes les resolucions preses el 30 de setembre de 1461, el bisbe Jaume de Cardona signava el document episcopal atorgant el permís sol.licitat. Penso que els autòctons per accelerar la concessió de la demanda, posaren mans a la feina des del dia mateix de la petició i començaren l'obra, perquè a l'any just, això és el 30 d'octubre de 1462, era beneïda la nova església, dedicada a Sant Pere i Sant Pau, pel mateix Vicari General, Bartomeu Travesseti. El Dr. Marià Serra descriu en les seves notes històriques el nou lloc de culte i per ell sabem que l'entrada de la capella estava de cara a ponent, la nau tenia volta de canó imitant el romànic rural i era forta i sencilla com una ermita: amidava 12'40 metres de llargada per 6'80 metres d'amplada, tenia pica baptismal, cementiri al seu entorn i en el retaule de l'Altar Major figuraven les pintures dels seus patrons, els apòstols sant Per i sant Pau.
Amb el temps, l'edificació fou engrandida gràcies a les aportacions dels habitants de la Vall i en el 1500 l'església amb més capacitat estava acabada. Consta, per documents guardats en l'arxiu diocesà i en les cròniques de les seves visites pastorals que va ser proveïda de llibres, palis, tovalles, ornaments, calze de plata, campanes, llànties i altres ornaments. El 1514, en la visita pastoral del bisbe fra Guillem Ramon Boil, s'indicà que hi havia un altar amb ara i estava bé; sis anys més tard el 1520, en una nova visita, es concretà que hi havia l'altar de sant Pere i sant Pau i l'altre amb la Mare de Déu. En una tercera visita el 1529, s'informà que en l'altar major hi havia dos ganfanons o estandards de color carmesí, l'un amb la imatge de sant Pere i sant Pau i l'altre amb la de la Mare de Déu i sant Erasme i dues llànties enceses: Ja en el pontificat d'un nou prelat, el bisbe Margarit, en visita pastoral el 1544, es tornà a remarcar que hi havia l'altar major i un altre de la Mare de Déu i ensems, es detallà que estava proveït de dos mantells de setí, de robes fines amb llustre sedós i de dues diademes d'argent com a cinyells preciosos per adornar els de la Mare i el Fill. Tot indica, anota el Dr. Serra, que la devoció a la Mare de Déu anava creixent i si bé s'ha de lamentar, insisteix l'historiador, que unes imatges esculturades, la de Jesús i Maria, fossin revestides de robes, per més que fossin de setí, desfigurant les talles; amb tot, s'ha de reconèixer que la gent era moguda pel fervor de la seva fe, per la seva devoció i aquest sentiment s'ha de valorar per damunt de totes les iniciatives desafortunades.

Altres manifestacions de l'arrelament de la devoció a la Mare de Déu en els feligresos de la vall amb nous matissos en el que potser, es perfilava la tendència de contemplar-la sota els signes del dolor i de la misericòrdia, foren dues notes ressenyades en la mateixa visita del bisbe Margarit. La primera era, que en l'església hi havia un retaule amb la Santa Creu; la segona que hi havia la fundació d'un benefici pel que el capellà mossèn Miquel Colomer tenia l'obligació de cantar tots els dissabtes la "Salve". Realment, els indicis que la devoció a la Verge, anava creixent a l'únison amb el sentiment religiós i l'augment de la població, són del tot evidents. Tanmateix l'advocació o títol de Mare de Déu de la Misericòrdia no havia calat encara en el cor del poble ni dels devots i se la continuava invocant, sembla, amb el títol de Mare de Déu del Roser.