Es basteix la segona església de Canet de Mar a l'indret de l'actual Santuari de la Misericòrdia, a la meitat del segle XV.

La Vall de Canet no havia adquirit encara personalitat jurídica, ni a nivell civil, car depenia del terme de Montpalau, ni a nivell eclesiàstic, car era una sufragània de Sant Iscle de Vallalta; l'acta de constitució de Canet com a municipi independent no tindrà lloc fins el 1599; i després d'un expedient que durà vint anys, no seria declarada parròquia totalment independent fins el 10 de febrer de 1816. Tanmateix, la necessitat d'atendre pastoralment la feligresia, assentada ja en trenta cases a la Vall, urgia prendre mesures adients per solucionar les greus dificultas que s'amuntegaven sobre els fidels en el moment d'anar a missa els diumenges i festius, per rebre els sagraments i per enterrar morts.

És cert que, en part, s'havia solucionat el problema quan poc després de la consagració de l'església de Sant Iscle de Vallalta, el 1090, pel bisbe de Girona Berenguer Guifré, s'obtingué el permís de construir l'esglesiola de Sant Pere de l'Aubó o de Romeguera que segons Tarré, es bastí en el 1098 al costat mateix de la Domus o Casa Forta, avui Santa Florentina. És possible que hi hagués la sagrera -circuit sacralitzat entorn de l'església delimitat en trenta pasos- tota violència comesa en aquest circuit era equiparada a un sacrilegi pel qual s'havia de respondre davant d'un tribunal episcopal. Amb el temps aquest lloc protegit es conformà com una aglomeració d'edificacions amb destinació a l'emmagatzematge i a l'habitatge; de fet la primera gent de Canet estaven arraulits i situats en aquest Sot de l'Aubó, i el capellà de Sant Iscle de Vallalta els venia a celebrar la Missa.

Aquest estat de coses perduraria tres-cents seixanta-tres anys. A mesura que les cases s'anaren apropant al mar, s'imposà que el temple seguís el mateix moviment; a mitjan segle quinzè, quan Sant Pere de Romeguera era encara l'únic temple de la Vall, els nuclis de població ja quedaven establerts en els promontoris del barri del Pinar, amb els tres antics carrers de Ravalet, de l'Arpa i de Sant Pau. En aquest últim encara es trobava alguns anys enrere la casa vella de la primera rectoria, amb una finestra gòtica de pedra picada. És possible, segons Josep Rovira, que l'origen del nom del carrer de l'Arpa, fos Arpan, per ser el lloc on vivien la gent ocupada en aquest sistema contractual de treball; els arpans eren com els parcers, gent que treballaven la terra segons uns determinats costums agraris. Els altres pujols habitats eren el barri del Castellet, el Mas Ramonet i, més al centre de la Vall, el Mas Vigues.

Es feia, doncs, just i necessari, que l'església i el capellà que tenia el càrrec de la cura pastoral d'aquest indret estiguessin més a prop d'on s'anaven ficant els fidels, perquè les atencions espirituals poguessin ser degudament ateses.

El Dr. Marià Serra i Font examinà la història i trobà que, els feligresos de la nostra vall, a l'estar lluny de l'església parroquial de Sant Iscle -distava més d'una hora de camí-, haver de pujar i baixar muntanyes, travessar rieres, que en temps de pluja portaven molta aigua, se sentien molt perjudicats en la seva ànima, sobretot pel perill dels moribunds de no poder rebre els sagraments, per manca de temps. Exposaren totes aquestes dificultats al bisbe de Girona que, aleshores, era Jame de Cardona, i demanaren permís de bastir una nova església més propera a la ribera de Canet de Mar. El bisbe ho accedí, car en la sol.licitud que li fou adreçada el 9 de juliol de 1461, pels síndics: Francesc Serra, Joan March Colomer i Francesc d'Ulmis militar, amo, aleshores de la Domus, en nom de tots els veïns de la vall, es feien càrrec de pagar les despeses pel cost de la construcció de l'església, l'adquisició dels objectes sagrats i de tot el necessari per a la celebració del culte, i tenir-la bastida en l'espai d'un any; ensems es responsabilitzaven de fundar un benefici pel manteniment d'un clergue que tindria cura de llurs ànimes dotant-lo de vint-i-cinc lliures barcelonines anualment. La comptabilitat en lliures, sous i diners fou emprada per influència carolingia, inicialment a Catalunya i Aragó -la lliura i el sou eren múltiples del diner, la unitat-; la seva equivalència era: la lliura 20 sous i el sou 12 diners.

A les demandes dels feligresos de la Vall de Canet, feren forta oposició el rector i els parroquians de Sant Iscle de Vallalta, potser, a l'intuir que a la llarga aquesta petició portaria al desmembrament d'una part important de la comunitat cristiana i no s'equivocaven. El bisbe solucionà el litigi amb una resolució plena de saviesa: envià el seu Vicari General, Bartomeu Travesseti i escoltat el parer dels de Canet i els de Sant Iscle, el 30 de setembre de 1461, la curia episcopal de Girona, donà l'autorització demanada pels fidels de la Vall. L'església es construiria, pero quedaria com a sufragània de Sant Iscle i els canetencs s'obligarien a assistir, al menys, en representació un de cada casa, en les 4 festes anuals de l'església mare, això és: Sant Pere, Sant Feliu, Sant Iscle i Santa Victòria. Per altra banda, el benefici es fundaria a títol diaconil o de servei pastoral, el capellà que l'obtingués, s'encarregaria de la cura d'ànimes i a part de les 25 lliures anuals com a dot, se li proporcionaria casa per a viure.