Es gestiona el permís per bastir el tercer temple a la vall de Canet , que deixarà expedit el camí per convertir l'església vella en el Santuari de la mare de Déu de la Misericòrdia.

En el segle XVI, Canet de Mar havia quadruplicat els seus habitants i més de 30 llars havien passat en una centúria a 180. Necessitava un lloc més espaiós per una digna celebració de les funcions sagrades, acudiren en el 1574 al bisbe de Girona, Benet de Tocco, aprofitant l'avinentesa de la seva visita pastoral a la població i li sol.licitaren el pertinent permís per bastir a la "quinta de Can Bigues" una nova església d'acord amb les necessitats del moment.
En quan a l'emplaçament del lloc s'havia suscitat una polèmica; no hi havia unanimitat. Els pagesos demanaven que fos construït en el terreny de Mas Ferran en el barri del Pinar; els pescadors, els qui vivien en el barri de la Ribera i els mariners, en un de més proper a ells. Des de temps, la població estava dividida en dos sectors; s'havien escollit com a refugi per escapar de les ràtzies dels corsaris i pirates moros, els uns l'indret que pujava cap a la muntanya, els altres, el que baixava cap al mar. Ara, allunyat el perill van guanyar aquests últims per votació popular; eren obrers de la parròquia Jaume Goday, pagès, Bartomeu Ros, mariner, Miquel Cabanyes, estadant, Salvador Palomers, clavari i negociant, mossèn Bartomeu Pla,rector i Bartomeu Barnoi, aparellador i director de les obres de l'església, a quina diligència s'atribueix la bona marxa de les múltiples i complicades tasques per bastir el complex.

Es gestionà també amb prudència i serenor l'entesa i concòrdia en la qüestió espinosa dels emoluments a percebre com arancels pels serveis religiosos i drets d'estola que corresponien als capellans a càrrec dels quals corria la cura pastoral. Les intervencions del vescomte de Cabrera sentenciant a favor dels obrers de Sant Iscle en el dret de vendre les candeles, dels síndics de Canet actuant en perjuduci del beneficiat Mn. Anton Taxonera i les demandes de Mn. Salvador Reyner, rector el 1570, als parroquians i de Mn. Joan Rabull, rector el 1579, a Mn. Miquel Vaya beneficiat diaconil, se solucionaren, senyalen les obligacions i les prerrogatives que corresponien als qui ostentaven el càrrec. La documentació i les pautes que l'emmarcaven quedà en poder de Joan Moré, notari del terme de Montpalau. Al peu de l'escrit hi ha el decret del bisbe Benet de Tocco, donant permís per fer la nova església, signant-lo el 31 d'agost de 1579, sota el pontificat del papa Gregori XIII. A partir d'aquesta data els rectors de Sant Iscle vingueren a viure a Canet de Mar, i a Sant Iscle hi passà a residir el vicari.

En referència al bisbe Benet de Tocco, sabem que era fill de Nàpols, descendent dels reis d'Albània, antic monjo de Montserrat, bisbe de Vic i d'allà traslladat a Girona, d'on més tard passaria a Lleida. Mn. Josep M.ª Marquès, arxiver diocesà, en el llibre "Cristians de Girona" al fer la relació de tots els bisbes que ens ha prestat el seu guiatge pastoral, el senyala amb el numero setanta dos, exercint el seu pontificat a la seu gironina des del 1572 al 1583.

El seu decret és molt valuós i ens dóna a conèixer aspectes molt interessantsde la nostra evolució històrica com a poble i comunitat cristiana. Es guarda en llatí en l'Arxiu diocesà i diu aixi:

El pare Benet de Tocco, bisbe de Girona per la gràcia de Déu i de la Seu Apostòlica, declara: El nostre ministeri de pastor ens exigeix cercar tot allò que esdevé una ajuda a la bona marxa de les esglésies que ens són encomanades, un increment al culte a Déu, la salvació de les ànimes i la cura del ramat que ens ha estat confiat.

Doncs, fa ben poc que els habitants de l'indret conegut com a Canet, del terme de Montpalau i del nostre bisbat de Girona, ens proposaren la construcció d'una nova església, malgrat l'existència d'una sola parròquia, la de Sant Iscle de Vallalta. Aquesta és lluny de la costa del Mar de Canet una mitja llegua, la qual cosa suposa una greu dificultat en el moment d'anar a missa els diumenges i festius, per rebre els sagraments i per enterrar els morts. Fins ara a Canet hi habitava poca gent degut a les freqüents incursions dels pirates.

A l'any 1500 eren ja moltes les persones que vivien al lloc de Canet, corresponents a 30 cases. Aquests habitants no aguantaven més la feixuguesa de traslladar-se a Sant Iscle per a la missa, sagraments i sepultures. Donada aquesta llarga distància, esclatà un plet ben controvertit entre els habitants de Canet i els veïns de Sant Iscle. La nostra Cúria episcopal de Girona, presidida pel bisbe Jaume, predecessor nostre de bon acord, ja havia pensat que als habitants de Canet se'ls havia de donar permís d'edificar una església. Ès la que existeix actualment sota la invocació de Sant Pere i Sant Pau, acabada l'any 1500 amb moltes fatigues i despeses per part dels mateixos habitants i que té en el seu haver, cementiri, llibres, palis, tovalles, ornaments, retaules, calze de plata, campanes, font baptismal, llànties i altres ornaments. Aquesta església facilitava l'assistència a missa i la cura d'ànimes, però ara esdevé insuficient ja que a la vall de Canet hi ha 180 cases"